No dia 14 de outubro de 1952 foi criada a CNBB – Conferência Nacional dos Bispos do Brasil, que surgiu como um Secretariado Permanente da Ação Católica, articulada pelo então padre Helder que, em 1950, durante uma viagem à Roma, teve o seu primeiro contato com o Monsenhor Montini, o futuro papa Paulo VI, com quem deixou as primeiras sementes da criação da CNBB.
Antes mesmo de ser bispo ele idealizava uma entidade que congregasse a ação evangelizadora dos bispos do Brasil.
Essa ideia surgiu baseada na visão que Dom Helder tinha de uma Igreja no Brasil com seus bispos engajados nos grandes problemas sociais, fazendo reflexões conjuntas, através de um organismo representativo, que tivesse capacidade de contribuir para o desenvolvimento nacional rumo a uma estrutura socioeconômica mais humana. E, que surgiu a partir de suas experiências na Ação Católica, da qual foi responsável em nível nacional.
Dom Helder atuava na primeira linha da CNBB, que procurava transformar em realidade a aspiração de um modelo de Igreja proposta pelo Concílio Vaticano II. Ele organizou e orientou a CNBB, como seu Secretário Geral, durante os primeiros 12 anos de sua existência.
Ele sempre teve a CNBB como prioridade, mesmo deixando de ser o primeiro secretário. Fazia a articulação com os bispos brasileiros e, com a radical mudança da conjuntura política do Brasil, após o golpe militar de 1964, percebia, com clareza, a crescente destruição dos alicerces democráticos no país. E, graças aos seus esforços, isso foi se tornando mais evidente nos diferentes centros episcopais brasileiros, o que favoreceu o surgimento de uma nova geração de bispos, engajada no combate à violência.
O resultado de todo esse trabalho veio à tona, em 1971, com a vitória, na CNBB, de uma diretoria mais comprometida com os problemas sociais brasileiros, evangelicamente afinada com os documentos de Medellin e, depois, de Puebla, em comunhão estreita com os menos favorecidos.